属于违建的房子交了罚款后，能否登记入房产证？？

家里十年前建了4层半的房子，一直没有办房产证，现在办房产证规划办说的我房子违建了，当年只是批准建3层半的，违建一层，现在已经交了罚款，但是他们却说那一层违建的不能写进房产证，房产证只能显示我有3层半的房子，剩下的那一层只属于给我使用。我想请问下，法律真的有这样规定吗？按道理你说我违建不合法，那我现在交了罚款那就是合法啦，为什么不能写进房产证？那我交的钱不是没有任何意义了？加之现在法律天天变，现在说是给我使用，谁知道十年后会不会说还是要拆除？？？请各路人士指点下！！谢谢！！！