到法院起诉解除非法同居关系需要办理什么手续

男方和女方从1999年同居，当时办理的结婚证是托关系办的，双方没有到场，也没有登记存档，现在要办理离婚被告知结婚证无效。2004年双方生有一子，孩子的户口随女方，准生证的办理都是用的这张无效的结婚证。现在就孩子的抚养问题和财产分割已经达成协议，应该办理什么手续？如果起诉到法院解除非法同居关系需要办理什么手续，女方的户籍登记怎么变更？