我问一下，分公司非独立核算的有税务登记证吗？

那需要看你们公司有没有在分公司当地工商部门注册登记工商营业执照，如果是注册了当地的工商营业执照那么就必须办理当地的分公司税务登记证。非独立核算变成独立核算只要办理了分公司的税务登记证就可以是独立核算了。