从综合实力来说，南京大学要好得多。但是如果偏向经济或是理科一类的专业，比如说金融、国贸、生物、化学等专业，厦大在全国的排名都很靠前。如果是要读工科的话，比如建筑、机械、电子一类的，应该选择南大或者其他的偏工科类的大学（不是我黑厦大而是厦大的工科实在是= =。。。）。
属于个人分析，因为两边都有同学在读。如果需要更多的信息，可以去两个学校的校网上看看，看一下学科分类栏，比较一下两个学校的硕士点、博士点和国家重点专业。
又及 ，在我们省，如果能考上南京大学的话，一般没有人会把厦大填成第一志愿的。
1.南京大学，简称南大，是一所源远流长的高等学府。追溯学脉古为源自孙吴永安元年的南京太学，近代校史肇始于1902年筹办的三江师范学堂，历经多次变迁，1949年“国立中央大学”易名“国立南京大学”，翌年径称“南京大学”，沿用至今。
2.南京大学是教育部与江苏省共建的全国重点大学，国家首批“211工程”、“985工程”高校，首批“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越计划”实施高校，也是九校联盟、世界大学联盟、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟的重要成员和东亚研究型大学协会高校。
3.截至2014年底，南京大学有鼓楼、浦口、仙林三个校区，28个直属院系，各类学生总计31304人。全校设本科专业86个，硕士学位授权一级学科18个，博士学位授权一级学科40个，博士后流动站38个，国家级人才培养基地13个；有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，国家重点（培育）学科6个；有国家实验室（筹）1个，国家重点实验室7个，教育部重点实验室8个，国家工程技术研究中心1个，国家级“2011协同创新中心”2个，教育部人文社会科学重点研究基地4个。南京大学是哈佛大学白碧德主义影响下的中国“学衡派”的雅集地，被誉为“中国科学社的大本营和科学发展的主要基地”，被杨振宁称赞为“中国最顶尖的大学”。
专业方面：工科方面浙江大学明显要强于厦门大学；文科方面尤其是经济学方面厦门大学则明显要强；理科方面，海洋学，生物，化学厦门大学比较强，物理浙江大学比较强，应该相当吧。综合比较，由于工科对于大学排名是最重要的，因此浙江大学的名次要比厦门大学好很多。
环境方面，厦门大学要明显好一些，厦门大学校本部就在海边，新校区这两年发展很好，周边有高尔夫球场，步行不远也是海，而且厦门这个城市的人文环境是我去过的城市里最好的（当然也包括杭州）。
浙江大学和厦门大学都是建国前的强校，浙江大学成为中科院所属工科院校，厦门大学成为教育部所属综合大学，此一阶段厦大强于浙大。
改革开放后，浙大率先开始合并，成为接近于综合大学的多科性大学，体量变大，学科质量也明显增强，而厦大偏居东南一隅，未与任何院校合并，体量处于劣势，此一阶段浙大综合实力明显超过厦大。单就专业质量而言，浙大工学、农学强于厦大，厦大理学、法学、文史、经济学强于浙大，医学、管理学各有千秋。
