cytoscape可以处理多种格式的文本文件。你把你的数据转成这些文件，然后就可以在cytoscape里打开了。
最简单的是.sif格式（sif格式），格式是：
nodeA <interaction> nodeB
nodeC <interaction> nodeD
...
就是说文件分三列，第一列和第三列是相互作用的基因名，第二列是相互作用的名称。.sif格式的好处是简单，容易处理。不过它不能规定每个节点的位置、大小、形状等。
另一种是xgmml格式，它是一种xml格式，可以规定节点和边的许多信息，但也更复杂。我在网上查了很久都没有查到xgmml格式的详细信息，没办法只好随便画个网络，让cytoscape导出成xgmml，然后一行一行看，花了一晚上搞明白了。于是写了几个python小函数来专门写这种格式。代码附在最后。
然后要画网络的时候写小脚本就行了：（假设这几个小函数的文件名叫xgmml.py）
from xgmml import *
fid = open('test.xml', 'w')
addHead(fid, 'hehe')
addNode(fid, 'A', 'A')
addNode(fid, 'B', 'B')
addEdge(fid, 'A', 'B', 'A to B')
fid.write('</graph>\n')
fid.close()
代码应该很好理解吧？导入包，打开文件，用addHead写文件头，addNode加结点，addEdge加边，补一句文件结尾，然后关闭文件。
最后把test.xml在cytoscape里打开就行啦
最简单的是.sif格式（sif格式），格式是：
nodeA <interaction> nodeB
nodeC <interaction> nodeD
...
就是说文件分三列，第一列和第三列是相互作用的基因名，第二列是相互作用的名称。.sif格式的好处是简单，容易处理。不过它不能规定每个节点的位置、大小、形状等。
另一种是xgmml格式，它是一种xml格式，可以规定节点和边的许多信息，但也更复杂。我在网上查了很久都没有查到xgmml格式的详细信息，没办法只好随便画个网络，让cytoscape导出成xgmml，然后一行一行看，花了一晚上搞明白了。于是写了几个python小函数来专门写这种格式。代码附在最后。
然后要画网络的时候写小脚本就行了：（假设这几个小函数的文件名叫xgmml.py）
from xgmml import *
fid = open('test.xml', 'w')
addHead(fid, 'hehe')
addNode(fid, 'A', 'A')
addNode(fid, 'B', 'B')
addEdge(fid, 'A', 'B', 'A to B')
fid.write('</graph>\n')
fid.close()
代码应该很好理解吧？导入包，打开文件，用addHead写文件头，addNode加结点，addEdge加边，补一句文件结尾，然后关闭文件。
最后把test.xml在cytoscape里打开就行啦
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