我D盘，E盘里怎么都有个Program Files文件夹啊？它是做什么的？

是用来存放软件信息的，安装软件时有个安装位置选择，指的就是这里。没关系的，如果确定有些软件不用，可以直接删除；但如果软件在用，就不要随便山，否则软件就用不了了。
可以通过在软件图标上右击属性，然后选择查找位置来确定是不是在用。