你好，我是做人力资源管理工作的，按照你的描述，主要有两点:一是每月提成年底发放，按照工资支付相关条例，这个约定本身没有问题的，但是员工中途离职公司应该支付所有未付工资，包括提成制工资的未结算提成，所以，这一点公司的行为是违法的；二是迟到扣除工资，如果公司制度里有相关规定，而且员工对制度进行确认(如在制度培训记录表中签字)，那么对员工的违纪行为可以进行处罚，但是要保证员工在提供正常劳动的情况下月度实发工资不能低于当地最低工资标准。如果有争议可以与用人单位协商，协商不成可以向当地劳动监察部门投诉，或者提起仲裁或起诉，希望对你有所帮助！
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