违章建筑被处罚后，还算违章建筑吗？

我的房子建在水库附近，水库库址是在县级行政区内，而水库的管理直辖于市级水利局。我父亲为水库管理处的退休职工，因单位住房一直未解决，多方努力后，单位同意自筹资金建房，刚开始无人过问，封顶时，县级的城管部门出面干涉，说是违章建筑要拆除，或是罚款，后经协商罚款了结。
我的问题是：1、城管的罚款是否合理。
2、罚款后是否就说明此房就属合法建筑了，至少是使用权。
3、今后涉及房屋的维权事宜，能否得到支持。
4、还会有其他行政部门对此房屋进行罚没或拆除吗？
请指点迷津，谢谢！

违章建筑被处罚后，如果未办理用地手续、规划手续、建设手续，仍然属于违法建筑。

合法的建设应当至少办理下列证件，未办理合法手续的，即为违法建筑。

土地使用证（或者宅基地使用证）；

规划许可证；

建设许可证。