1， 卫生证书是国外出具的，检疫证明是国内商检局出具的，证明的内容不一样。
2， 卫生证书是国外提供的清关资料，入境货物检验检疫证书是国内商检局在货物通关完毕后下发的一个产品证明；在我国经正规合法途径进口并经过海关监督管理的进口食品，都会获得《入境货物检验检疫证明》。
并且所有进口食品都应当获得《入境货物检验检疫证明》后方能进入市场销售。《入境货物检验检疫证明》上注明的品名、品牌、原产国、规格、生产日期等信息，应与所销售的进口葡萄酒信息完全一致。
3， 根据国家质量监督检验检疫总局《进出口乳品检验检疫监督管理办法》（第152号令）第十七条、《进出口水产品检验检疫监督管理办法》（第135号令）第二十一条、《进出口肉类产品检验检疫监督管理办法》（第136号令）第二十一条，对于进口乳品、肉类产品、水产品检验检疫合格后签发《入境货物检验检疫证明》。
4， 根据《进出口食品安全管理办法》（第144号令）第十八条，进口食品检验检疫合格的，检验检疫机构出具合格证明，准予销售、使用。这里所说的合格证明就包括了《入境货物检验检疫证明》和《卫生证书》。也就是说，除了上述提到的乳品、肉类产品、水产品要出具入境货物检验检疫证明，其他类别的进口食品可出具两者之一
扩展资料：
《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出境商品目录(2009年)》 根据《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例的有关规定，国家质量监督检验检疫总局、海关总署经研究，决定联合对《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出境商品目录(2009年)》(以下简称：《法检目录》)进行相关调整。
现公告如下：
一、将部分初级纺织品、矿产品、石材、工业原料、皮革制品、五金工具、小家电产品、部分石材等商品(共计647个10位海关商品编码，附件1) 调出《法检目录》，不再实施出入境检验检疫监管。
二、将部分烟草代用品、可用于食品添加剂的化工产品、日常生活用品、婴幼儿及儿童服装、衬衣睡衣泳衣、家用电器、卫生器具等商品(共计357个10位海关商品编码，附件2)新增纳入《法检目录》或增补进(出)境检验检疫监管。
三、结合2009年《进出口商品名称及编码协调制度》调整情况，国家质检总局、海关总署对《法检目录》进行了对应调整。
四、列入检验检疫《法检目录》的进出境商品，必须经出入境检验检疫机构实施检验检疫和监管，进出口经营者持出入境检验检疫机构签发的《入境货物通关单》或《出境货物通关单》向海关办理进出口手续。
检验检疫证单格式，监管类证单没有代号，只有具体的名称。根据检验检疫监管工作的需要，可分为动植物检疫审批类证单（4种）、卫生检疫类证单（8种）、口岸卫生监督类证单（6种）、食品化妆品监管类证单（7种）和检验监管类证单（8种）
参考资料来源：百度百科-出入境检验检疫
不同产品出不同的证书，两个都是有效的。 一般预包装食品处卫生证书，食品原料散装食品等出证明， 而且目前倾向是都出检验检疫证明，比如奶粉都出证明了。
根据国家质量监督检验检疫总局《进出口乳品检验检疫监督管理办法》（第152号令）第十七条、《进出口水产品检验检疫监督管理办法》（第135号令）第二十一条、《进出口肉类产品检验检疫监督管理办法》（第136号令）第二十一条，对于进口乳品、肉类产品、水产品检验检疫合格后签发《入境货物检验检疫证明》。
根据《进出口食品安全管理办法》（第144号令）第十八条，进口食品检验检疫合格的，检验检疫机构出具合格证明，准予销售、使用。这里所说的合格证明就包括了《入境货物检验检疫证明》和《卫生证书》。也就是说，除了上述提到的乳品、肉类产品、水产品要出具入境货物检验检疫证明，其他类别的进口食品可出具两者之一。
